본 발명은 제주쑥 추출물, 이의 분획물 및 이로부터 분리한 화합물의 암 치료 효과에 관한 것으로, 본 발명의 제주쑥 추출물 및 이의 분획물은 암 줄기세포의 형성을 억제하며, 이로부터 분리한 5-데스메틸시넨세틴은 암세포의 증식과 종양 형성 및 전이능을 억제하며, 암 줄기세포의 형성 및 성장을 억제하여 이를 사멸시키는 효과가 있으므로, 이를 암, 특히, 암 줄기세포에 의한 내성암에 대한 예방 또는 치료 용도로 유용하게 활용할 수 있다.