본 발명은 신규한 지의류 내생 곰팡이의 추출물을 유효성분으로 포함하는 대장암 줄기세포 성장억제용 조성물에 관한 것으로, 세트라리아 라에비가타(Cetraria laevigata) 지의류로부터 분리된 신규 지의류 내생 곰팡이 EL001668 (KACC 83020BP) 추출물은 대장암 줄기세포 표지자인 ALDH-1, CD133, CD44, Lgr-5 및 Msi-1의 발현을 억제하고, 대장암 줄기세포의 사멸을 유도하며, 대장암 줄기세포의 자가재생 및 암세포로의 분화를 억제시키는 효과를 나타내므로 종양줄기세포 성장 억제용 조성물의 유효성분으로 유용하게 사용될 수 있다.