본 발명은 유해 미생물의 오염 및 바이오제닉 아민의 생성이 억제된 숙성치즈의 제조방법 및 이에 의해 제조된 숙성치즈에 관한 것으로, 보다 상세하게는 숙성 전 치즈 표면을 자몽 종자 추출물로 코팅하고, 숙성 시 황토 및 볏짚 혼합액으로 저온 숙성함으로써 숙성 중 발생하는 곰팡이균을 효과적으로 억제하는 동시에 치즈 내 바이오제닉 아민의 생성을 저해하여 인체 안정성이 우수하고 치즈의 풍미 및 기호도를 향상시킨 유해 미생물의 오염 및 바이오제닉 아민의 생성이 억제된 숙성치즈의 제조방법 및 이에 의해 제조된 숙성치즈에 관한 것이다.