본 발명은 조제약 자동 검사 시스템 및 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 조제약 자동 검사 시스템은, 조제약의 의약품 정보와 상기 개별포장 조제약에 부여된 식별코드를 관리하는 조제 정보 서버 및 검사 대상이 되는 개별포장 조제약의 식별코드를 인식하여 상기 조제 정보 서버로 전송하여 상기 조제 정보 서버로부터 상기 검사 대상이 되는 개별포장 조제약이 해당되는 조제약의 의약품 정보를 제공받고, 상기 검사 대상이 되는 개별포장 조제약을 촬영하고 분석하여 개별포장 조제약의 의약품 정보를 추출하고, 추출된 상기 검사 대상이 되는 개별포장 조제약의 의약품 정보와 상기 검사 대상이 되는 개별포장 조제약이 해당되는 조제약의 의약품 정보의 일치 여부에 따라 상기 검사 대상이 되는 개별포장 조제약의 결함 여부를 판단하는 조제약 검사 장치를 포함한다. 한편, 상기 조제약 검사 장치는, 상기 상기 식별 코드 인식부를 통과하여 컨베이어 벨트에 놓여져서 이동하는 개별포장 조제약 내의 정제들이 겹쳐진 경우, 상기 겹쳐진 정제들과의 접촉에 의해 겹침 상태를 해제시키는 의약품 평탄화부를 더 포함한다.